Cụ thể, xem xét sẽ bỏ quy định về định mức gia công, quy định về thông báo mã nguyên liệu, vật tư, mã sản phẩm XK. Bỏ quy định về thủ tục chuyển nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị thuê, mượn theo chỉ định của bên đặt gia công sang hợp đồng gia công khác trong quá trình thực hiện hợp đồng gia công (Điều 23 Thông tư 13/2014/TT-BTC).
Cùng với đó, xem xét bỏ quy định hạn chế quyền của DN trong việc chuyển nguyên vật liệu từ hợp đồng gia công này sang hợp đồng gia công khác (điểm c2 khoản 2 Điều 27 Thông tư 13/2014/TT-BTC). Theo đó, DN chịu trách nhiệm chuyển giao và báo cáo trong bảng xuất nhập tồn. Cơ quan Hải quan kiểm tra trên cơ sở áp dụng nguyên tắc quản lý rủi ro.
Đặc biệt, dự thảo Thông tư sẽ đơn giản hóa hồ sơ hải quan đối với hàng gia công sản xuất XK, về cơ bản chỉ còn tờ khai hải quan và giấy phép (nếu có). Đơn giản thủ tục tiếp nhận hợp đồng gia công: DN chỉ phải nộp hợp đồng gia công, cơ quan Hải quan lưu, theo dõi trong suốt quá trình thực hiện. DN không phải nộp hợp đồng gia công lại. Bên cạnh đó, theo quy định tại dự thảo Thông tư DN cũng không phải nộp văn bản chỉ định giao, nhận hàng từ đối tác thứ ba khi làm thủ tục NK nguyên vật liệu, XK sản phẩm.
Một trong những thay đổi quan trọng tại dự thảo Thông tư đó là những quy định để đơn giản hóa thủ tục quyết toán nguyên vật liệu. Theo đó, đối với loại hình gia công, bỏ toàn bộ các biểu bảng ban hành kèm theo Thông tư 13/2014/TT-BTC (10 mẫu báo cáo). Vì vậy, khi quyết toán, DN sẽ chỉ phải nộp 1 bảng báo cáo nhập - xuất - tồn cho một hợp đồng gia công trong thời hạn 1 quý.
Đối với loại hình nhập sản xuất XK, sẽ đơn giản hóa bộ hồ sơ xét miễn thuế, xét giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế; bỏ quy định về việc nộp bảng thông báo định mức trong hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế.
Cùng với đó, về hồ sơ xét miễn thuế, xét giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế; hồ sơ đề nghị xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa; hồ sơ đề nghị gia hạn nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; hồ sơ nộp dần tiền thuế nợ; hồ sơ đề nghị xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt không yêu cầu DN nộp các chứng từ: Tờ khai hải quan hàng hóa XNK điện tử (cơ quan Hải quan sử dụng tờ khai hải quan hàng hóa XNK trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, kiểm tra thông tin kết quả kiểm hóa trên hệ thống của cơ quan Hải quan), Bảng kê chứng từ thanh toán qua ngân hàng, Bảng kê các tờ khai XK sản phẩm, Bảng kê Danh mục tài liệu hồ sơ đề nghị xét miễn, giảm, hoàn thuế, không thu thuế.
Thực tế thời gian qua, việc thực hiện thanh khoản theo quy định hiện hành gây khó khăn cho DN, vướng mắc trong quá trình thực hiện cho DN do khối lượng hồ sơ DN phải nộp cho cơ quan Hải quan rất nhiều vì có nhiều biểu mẫu, thời gian thực hiện thanh khoản kéo dài, phần mềm thanh khoản phức tạp thường không khớp số liệu giữa hồ sơ thanh khoản do DN nộp với dữ liệu trên hệ thống của cơ quan Hải quan dẫn đến cả Hải quan và DN mất nhiều thời gian để tìm ra nguyên nhân lệch số liệu.
Theo ông Âu Anh Tuấn - Phó Cục trưởng Cục Giám sát quản lý về hải quan, việc quản lý DN gia công, sản xuất XK dựa trên nguyên tắc DN tự khai, tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về số liệu báo cáo, cơ quan Hải quan áp dụng quản lý rủi ro để kiểm tra đối với trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật.
Vì vậy, DN báo cáo quyết toán theo hình thức nhập-xuất-tồn theo quý và việc hoàn thuế, không thu thuế được căn cứ trên cơ sở báo cáo quyết toán của DN và phân loại DN của cơ quan Hải quan. Cơ quan Hải quan trên cơ sở nguyên tắc rủi ro thực hiện kiểm tra để đánh giá tuân thủ pháp luật của tổ chức, cá nhân, DN chịu trách nhiệm trước pháp luật về số liệu báo cáo.
Tuy nhiên, vấn đề đặt ra đối với loại hình DN này là cơ quan Hải quan quản lý nhập xuất tồn của các DN như thế nào?
Theo đại diện Công ty May 10, ban soạn thảo cần cân nhắc kỹ việc quản lý theo mã HS đối với hàng sản xuất gia công. Mỗi DN có sự quản lý riêng của mình, nếu sử dụng vào mục tiêu quản lý của cơ quan Hải quan thì nên dựa vào dữ liệu của DN cho thuận tiện.
Có cùng quan điểm trên, theo đại diện của Công ty May Kim Lợi: Nguyên liệu NK theo mã HS, hiện đang yêu cầu DN tự xây dựng mã để quản lý. Cơ quan Hải quan không khống chế tỷ lệ hao hụt, tùy theo thực tế hao hụt của DN là bao nhiêu, DN tự khai và tự quản lý, bởi theo một số ngành nghề có độ co giãn khác nhau, may thời trang và may phổ thông khác nhau. Vì vậy, cơ quan Hải quan nên quản lý nhập xuất tồn theo mã quản lý của DN.
Tuy nhiên, theo đại diện của Công ty may XK Hà Bắc, cơ quan Hải quan cần quản lý theo mã HS, thống nhất 1 hệ thống trên toàn quốc để quản lý nếu theo mã quản lý riêng của DN có thể phù hợp với DN này nhưng lại không phù hợp với các DN khác. Điều này sẽ gây khó khăn cho cơ quan Hải quan trong việc kiểm tra tình hình sử dụng và tồn kho nguyên liệu.
Cơ quan Hải quan không thể xây dựng một định mức mà không thực tế với DN. Theo đại diện Cục Hải quan Đồng Nai thì DN nên báo cáo tình hình sử dụng nguyên liệu thay vì báo cáo nhập - xuất - tồn như quy định hiện nay sẽ dễ hơn cho cả cơ quan Hải quan và DN.
Tiếp thu các ý kiến góp ý, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Vũ Ngọc Anh khẳng định, về vấn đề này cơ quan Hải quan cần đứng trên cách quản lý làm thế nào để tạo thuận lợi cho DN, nhưng cũng phải cân bằng với quản lý của cơ quan Hải quan theo cách hài hòa nhất. Trong quá trình xây dựng Thông tư mới sẽ cân nhắc các ý kiến của DN, quy định rất rõ các tiêu chí để quản lý.