Theo dự thảo Quyết định của Bộ trưởng Bộ Tài chính về thí điểm thực hiện khai thuế và nộp thuế điện tử đối với cá nhân cho thuê nhà, nộp thuế trước bạ nhà đất và thuế thu nhập cá nhân chuyển nhượng bất động sản, có quy định việc thực hiện nộp thuế thông qua 4 ngân hàng thương mại được chỉ định, nhưng lại chưa nêu rõ chỉ áp dụng đối với các cá nhân có tài khoản ở các ngân hàng chỉ định hay áp dụng đối với tất cả các cá nhân thuộc các đối tượng nộp thuế nêu trên (kể cả không có tài khoản tại 4 ngân hàng chỉ định). Mặt khác, không thể bảo đảm tất cả các đối tượng thuộc diện khai và nộp thuế điện tử đều đáp ứng được việc sử dụng internet, thư điện tử cũng như mã xác thực điện tử qua tin nhắn… chính xác, đầy đủ. Điều này có nguy cơ sẽ dẫn đến bất cập, khó triển khai.
Dưới góc nhìn của tổ chức đại diện cộng đồng doanh nghiệp, Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) cho rằng, việc thí điểm khai thuế và nộp thuế điện tử đối với cá nhân ở một số lĩnh vực không nên quy định cứng nhắc (bắt buộc) mà đề cao tính khuyến khích. Trường hợp các đối tượng thuộc diện nộp thuế nêu trên có sẵn tài khoản và có sẵn tiền trong ngân hàng, nếu họ nhận thấy việc khai và nộp thuế điện tử có lợi thì khuyến khích họ thực hiện; trường hợp khác không có tài khoản ở ngân hàng, để họ vẫn được lựa chọn nộp thuế như thông thường.
Trong dự thảo Quyết định của Bộ Tài chính, nội dung cũng chưa nói rõ những đối tượng không thuộc diện hoặc không tham gia thực hiện thí điểm thì quyết định này có hiệu lực đối với họ hay không. Trường hợp tất cả các cá nhân trong diện nộp thuế điện tử đều bắt buộc phải tham gia thí điểm sẽ dẫn đến bất cập nữa là rất nhiều người không có tài khoản ở ngân hàng, hoặc không có tài khoản ở 4 ngân hàng được chỉ định, nếu phải mở tài khoản chỉ để thực hiện nộp thuế sẽ gây tốn kém thêm một số chi phí không hợp lý cho người nộp thuế.
Có ý kiến đề nghị Bộ Tài chính khi triển khai thí điểm nên cho phép cá nhân ủy quyền cho cá nhân thực hiện khai và nộp thuế điện tử, khi đó chỉ cần đăng ký lần đầu với cơ quan thuế bằng hồ sơ hợp lệ.